色譜柱適用于分析蛋白質多肽等生化樣品。它柱效高，柱壓低，經久耐用，代表性地反映了對產品生產過程的分步嚴格控制。且所選擇的硅膠是經過嚴格質量監測的合格產品，粒度分布窄，顆粒表面均勻光滑，因而色譜柱柱效高，柱壓卻很低，并進一步延長了其使用壽命。
一、色譜柱的分離原理：采用反相流動相體系，而按照正相順序出峰。通過親水性相互作用，可有效的分離反相色譜柱中因保留能力弱而難分離的強極性化合物。是一種分離機理，而具備這種分離機理的鍵合相種類非常多。在HILIC中，固定相是極性的，流動相中的水相部分表現為強洗脫溶劑，這與傳統的反相色譜法*相反。
二、色譜柱的作用機理：
可以被認為是反相液相色譜通過采用極性固定相來運行的。采用的流動相是含有少量水/緩沖鹽或其他極性溶劑的高比例有機相。流動相中的水形成一個富水層被吸附在固定相表面，極性物質首先進入富水層得到保留。極性化合物是通過一個復雜的混合模式被保留的，包括：富水層和流動相之間的親水分配、極性官能團和固定相間的氫鍵作用以及離子官能團的靜電作用。當然，親水分配是主要的保留模式。從保留機理來看，HILIC和反相色譜柱是有著非常大的差別的。
